現在の京都大学人文科学研究所は、１９３９年に設立された同名の研究所（旧人文）と、東方文化研究所及び西洋文化研究所が合体して、１９４９年１月に発足した研究機関であり、３研究所のそれまでの業績を継承しつつ、世界文化に関する人文科学の総合研究を行うことを、その目的としている。

東方文化研究所

　統合された３研究所の中で最も歴史が古い東方文化研究所は、１９２９年、中国文化を中心とした学術研究を目的として、外務省から助成金をうけ、東京と京都に設立された東方文化学院の京都研究所の後身である。東方文化学院京都研究所は発足当初は研究員４、助手４にすぎず、所屋も京都大学文学部陳列館の一隅を借用していたが、１９３０年１１月、北白川小倉町５０番地（現東小倉町４７番地）に新所屋が完成した。現在も本研究所附属の漢字情報研究センターとして使用されている白亜の建物がそれである。ちなみに、この建物は、研究所評議員濱田耕作の創意をもとに、東畑謙三氏が設計したスパニッシュ・ロマネスク様式の、極めてユニークなもので、今日に至るまで世人の注目を集めている。

　１９３８年４月、東方文化学院が改組され、京都研究所は独立して東方文化研究所と改称された。この頃には、研究員、副研究員、助手、嘱託員など３０名以上の所員が、経学・文学、宗教、天文・暦算、歴史、地理、考古の６研究室に分属して研究活動に従事する体制も整っていた。なお東方文化学院時代の所長は狩野直喜であり、東方文化研究所時代の所長は松本文三郎と羽田亨であった。

西洋文化研究所

　一方、西洋文化研究所は、１９３４年に民間団体として設立されたドイツ文化研究所（吉田牛ノ宮町１番地）を、１９４６年に改組した研究機関で、数名の研究員を委嘱して、イギリス・アメリカ・ドイツ等の文化の研究に従事することになっていた。しかし、所屋をはじめ３０００冊をこえるドイツ関係の書籍を含む一切の設備が、占領軍に接収されたため、その活動を停止せざるを得ず、結局土地所屋は接収解除とともに京都大学に寄付され、すでに発足していた現在の人文科学研究所の所属に帰した。なお、この所屋も村野藤吾氏の設計にかかる昭和建築史における特色ある建物であったが、維持管理をはじめとした種々の問題のため、１９７４年に残念ながらとりこわされた。

旧人文科学研究所

三研究所の統合と人文科学研究所の発足

　さて、旧人文科学研究所を中核として、東方文化研究所と西洋文化研究所を統合しようという動きは１９４６年末にはじまる。翌年に入り、西洋文化研究所を解散し、建物・設備をすべて京都大学に寄付しようとする同研究所理事会の意向をうけ、当時の京都大学総長鳥養利三郎は、東方文化研究所長羽田亨らと協議して旧人文と東方文化、西洋文化を一つにした大研究所設立の実現に動きだした。こうして、１９４８年４月、まず東方文化研究所が外務省から文部省（京都大学）の所管にうつされ、ついで同年１１月２０日３研究所を代表するかたちの３所員による公開講演を契機として事実上の統合が成立し、翌年、１１部門、教授１１、助教授１４、助手１９からなる新しい人文科学研究所が正式に発足した。その後、社会人類学（１９５９年）、西洋思想（１９６４年）、日本文化（１９６９年）、現代中国（１９７５年）、比較文化（客員１９７８年）、宗教史（１９８０年）、比較社会（１９８１年）、日本学（客員１９８５年）、言語史（１９８８年）の各部門が増設された。なお、比較社会部門、日本学部門は、客員部門として外国人を招聘して運用されることになった。このほか１９６５年には附属施設として東洋学文献センターが設けられた。

　１９７９年は本研究所の前身の一つの東方文化研究所が創立されてから満５０周年を迎えたため、１１月９日に創立５０周年記念式典が催され、詳細な沿革を誌した『人文科学研究所５０年』が出版された。

研究所の改組

　２０００年４月、人文科学研究所は研究のいっそうの発展を目指し、また時代の要請に応えるために、全面的な改組を行った。この結果、従来の小部門の制度を改め、５部門、１附属研究施設からなる大部門制をとることになった。さらに2006年4月にはイタリア国立東方学研究所およびフランス国立極東学院京都支部との連携のもと、人文学国際研究センターを、2007年4月には大学共同利用機関法人人間文化研究機構との共同により現代中国研究センターを発足させ、新たな時代のニーズに応えうる研究体制の構築をすすめている。