紀要は、邦文紀要と欧文紀要の二本立てになっており、前者は、さらに「人文學報」と「東方學報」との二本立てになっている。そして、1949年の「東方學報京都第17冊」を「京都大学人文科学研究所紀要第1冊」、その翌年の1950年創刊の「人文學報第1号」を「同第2冊」とし、以後、発行順に「東方學報」と「人文學報」に共通に、通しの冊数を入れ、現在、紀要第138冊まで刊行されている。

　その間、1954年は、創立25周年にあたっていたので、「東方學報」と「人文學報」の合併号として「創立25周年記念論文集」を刊行したほか、世界の著名学者の東洋学に関する論文を掲載したSilver Jubilee Volume of the Zinbun-Kagaku-Kenkyusyoを刊行した。

　創立35周年にあたっていた1964年には、「人文學報」も「東方學報」も、「創立35周年記念論集」と銘うって特集し、また、1969年には「創立40周年記念論集」（東方學報のみ）を、1979年には「創立50周年記含論集」（人文學報）、1980年には「創立50周年記念論集」（東方學報）を、1990年には「創立60周年記念論集」（東方学報）を、2000年には「人文學報」「東方學報」「欧文紀要」ともに「創立70周年記念論集」を、所員ならびに助手全員の論文を掲載して、いずれも特輯号の形において刊行した。