東方學報の創刊は、1930年であり、爾来、毎年少くとも1冊を刊行し、現在83冊に達しているが、創刊当時本研究所と姉妹関係にあった東方文化學院東京研究所の紀要も、同じく『東方學報』であったので、それを区別するために「東方學報　京都第○冊」なる表示がとられてきた。現在でも、「京都大學人文科學研究所紀要第○冊」としての通し番号のほかに、「京都　第○冊」なる表示が附記されているのは、その名残りである。

　毎号、大体所内研究員もしくは東方学研究部所属の所外共同研究参加者の東洋学に関する研究論文を10篇ほど掲載しているが、共同研究の報告として特輯されている場合もある。たとえば、第23冊は「殷代青銅文化の研究」、同第24冊は「元典章の研究」、同第27冊は「漢代史研究」、同第30冊は「中国古代科学技術史の研究」、同第35冊は「敦煌研究」の特輯号である。なお同第36冊は「創立35周年記念論集」、同第41冊は「創立40周年記念論集」、第52冊は「創立50周年記念論集」、第62冊は「創立60周年記念論集」、第72冊は「創立70周年記念論集」にあてられている。